Hacia el año 1852 o 1853 el venerable Luis Querbes padece diabetes; ya había notado los primeros síntomas de la enfermedad. Entre el año 1858 y 1859 tuvo dos crisis serias, por eso el padre Querbes dictó su testamento en el que instituía al padre Favre o en su defecto al hermano Blein como legatario universal.
Durante el verano de 1859 la enfermedad se agravó y el 25 de agosto los religiosos de Vourles y de las comunidades vecinas que se habían reunido según su costumbre para la fiesta de San Luis, lo hacen alrededor de un superior gravemente enfermo. Con el rostro sonriente pero profundamente alterado por el sufrimiento se esforzó por alegrar esta reunión con palabras amables pero todos eran conscientes de que se trataba del último encuentro.
El 29 de agosto el Luis Querbes recibió los últimos sacramentos. Al final de la ceremonia hizo sus últimas recomendaciones: “ánimo hijos míos, ahora me corresponde a mí hablaros pero no tengo fuerzas. Habéis visto la unión que ha existido siempre entre el Sr Favre y yo, obedecedle de la misma manera que me habéis obedecido a mí. Desterrad de vosotros todo espíritu partidista y de sistema, sed obedientes, comunicad mis recomendaciones a los ausentes. Os doy mi bendición así como a todos los demás”.
El venerable Luis Querbes murió el día 1 de septiembre de 1859 en Vourles.
A la muerte del fundador, la congregación contaba con 250 religiosos, 45 de los cuales estaban en Canadá. Dirigía en Francia 106 escuelas en 21 departamentos, cuatro sacristías y una providencia. En Canadá dos colegios, una institución para sordomudos, 7 escuelas y 2 parroquias.
